Yörede bulunan eserler önceleri Muradiye Külliyesi’nin medrese bölümünde depolanmaya başlanmıştır. Zamanla eserlerin çoğalması sebebiyle medrese bölümü  dönemin yerel yöneticilerinin girişimleriyle 29 Ekim 1937 tarihinde müze olarak açılmıştır. Medrese bölümü de yetersiz kalınca 1972 yılındaki restorasyon  çalışmalarından sonra yapılan düzenlemeyle, imarethane bölümü arkeolojik eserlere, medrese bölümü ise etnografik eserlere ayrılmıştır.

Batı Anadolu’nun çeşitli yerlerinden toplanan arkeoloji bölümündeki eserler, yöredeki eski uygarlıkların kültür ve yaşam özellikleri hakkında fikir vermeleri  açısından büyük önem arz etmektedir. Müzenin diğer bir önemli özelliği, Lidya Krallığı’nın başkenti Sardes Örenyeri’nde 1958 yılından beri sürdürülen kazılarda  bulunan eserlerin burada sergilenmesidir. Arkeoloji bölümünde bronz çağdan Bizans dönemi sonuna kadar  lahitler, mezar taşları, mozaikler, toprak kaplar, heykeller, büstler, cam ve fildişi objeler sergilenmektedir. Ayrıca Sardes Örenyeri’nden çıkarılan eserlerin ve mozaiklerin yer aldığı Sart salonu, antik çağ altın takıları, gümüş eşyaları ve oyun takımları örnekleri ile antik çağdan Osmanlı dönemine kadar uzanan döneme ait altın, gümüş ve bronz sikkelerin yer aldığı hazine odası  ayrı bir çekiciliğe sahiptir.

            Beylikler döneminden Osmanlı dönemine, yöre halkının gelenek, görenek ve yaşam tarzına ilişkin çeşitli eşyaların sergilendiği, medrese binasında yer alan etnografya bölümünde ise giysiler, silahlar, saray ve tekke eşyaları, çini sanatımızdan çeşitli örnekler, 17. ve 18. yüzyıla ait yazma eserler ve yazı takımları, kur’an ve cüz muhafazaları ile, oyma ve fildişi kakmalarla süslü hakiki kündekari tekniği ile yapılmış Ulu Camii minber  kapısı görülebilir.